È scavata nel permafrost dell'isola norvegese di Spitsbergen, a 1.300 km dal Polo Nord, e dal 2008 si propone come "backup" delle altre banche mondiali dei semi. Le particolari condizioni di freddo offerte dall'habitat in cui è ricavata garantiscono che almeno una copia delle sementi più resistenti rimanga qui custodita, anche in caso di blackout della struttura, per almeno 55 anni.
Il nuovo deposito include semi di patate, riso, sorgo, orzo, ceci, lenticchie e frumento provenienti da Benin, India, Pakistan, Libano, Marocco, Olanda, Stati Uniti, Messico, Bosnia, Bielorussia e Gran Bretagna.
Dei 50 mila semi depositati, 15 mila sono in realtà una restituzione dell'International Center for Agricultural Research, un gruppo di ricerca che punta a migliorare la resa agricola nelle zone aride. L'organizzazione era stata la prima a prelevare un cospicuo campione di semi dal bunker delle Svalbard, nel 2015, perché non poteva accedere alla banca dei semi della città di Aleppo, devastata dalla guerra. Con il prestito è stato possibile rigenerare i semi e moltiplicarli, per distribuirli agli agricoltori. Con il nuovo deposito il numero totale di semi custoditi è salito a 940 mila, su una capacità di 4,5 milioni.