Nel 1965 l'azienda ha attivato la linea ferroviaria Bari-Barletta, che collega a Bari importanti Comuni del nord barese: Bitonto, Terlizzi, Ruvo, Corato, Andria, Barletta e il quartiere di Bari Palese con due fermate ai margini periferici.
Si snoda su un percorso lungo 70 Km su linea elettrica, a binario unico sul tratto Bari-Fesca San Girolamo e Ruvo-Barletta, e doppio binario sul tratto Fesca San Girolamo-Ruvo. Dal 2008 Ferrotramviaria SpA ha avviato un progetto di sviluppo, ammodernamento e rafforzamento del proprio servizio sul territorio, a partire dal progetto per la Ferrovia Metropolitana San Paolo che collega il quartiere residenziale San Paolo all'area centrale della città di Bari, garantendo il collegamento diretto con l'Ospedale San Paolo. A questo progetto si unisce la creazione di nuove fermate intermedie, sulle tratte già esistenti, come quella inaugurata in Via La Pira a Bitonto, e il raddoppio della tratta ferroviaria tra Ruvo di Puglia e Corato, sulla linea Bari-Barletta. La ferrovia, spiega il sito di Ferrotramviaria SpA, negli anni è diventata un riferimento nel panorama del trasporto pubblico locale Pugliese per il numero costantemente crescente di pendolari.