La gestione è affidata all'Agenzia per la Coesione territoriale che ha delegato alle 14 Città capoluogo delle aree metropolitane alcune funzioni tra le quali, la gestione della dotazione finanziaria assegnata e la scelta dei progetti da realizzare. La dotazione attribuita alle città del Sud è pari ad euro 86.230.000,16 da impiegare per progetti negli ambiti: Agenda Digitale; Sostenibilità dei servizi e mobilità urbana; Servizi per l'inclusione sociale; Infrastrutture per l'inclusione sociale; Assistenza tecnica all'Autorità urbana.
Il Programma operativo del Comune di Napoli si compone di 33 progetti di cui 9 in Agenda digitale; 4 per la Sostenibilità dei servizi e mobilità urbana; 11 per Servizi per l'inclusione sociale; 7 per Infrastrutture per l'inclusione sociale; 2 per Assistenza tecnica all'Autorità urbana. «Fiore all'occhiello» dell'amministrazione comunale partenopea - come evidenziato - è stato l'impiego di risorse europee per l'acquisto dei 56 autobus, di cui una parte già in strada, a cui se ne aggiungeranno altri 10 nel corso del 2019. Al welfare sono state destinate risorse superiori ai 36 milioni di euro che «garantiscono la prosecuzione di attività previste dal Piano sociale di zona, il recupero di strutture da destinare alle attività sociali e anche all'abitare consentendo altresì, la sperimentazione di soluzioni innovative quali l'Agenzia sociale per la Casa e gli Spazi di Innovazione Sociale». Con la realizzazione dei progetti previsti in ambito di Agenda Digitale sarà invece possibile aumentare i servizi alla cittadinanza, in alcuni casi anche a livello metropolitano come previsto per i certificati di stato civile on line che saranno disponibili a breve per i primi comuni che hanno aderito all'iniziativa. I risultati ottenuti a livello nazionale dal PON Metro che ha conseguito l'obiettivo aggregato e a livello locale dal Comune di Napoli - come riferito - «scongiurano di fatto il rischio di disimpegno finanziario da parte dell'Unione europea consentendo altresì l'attribuzione della riserva di premialità per un valore massimo di euro 5.665.333,50».