Campania al primo posto in Italia per l’attività di sequenziamento di Sars CoV-2: l'attività di Cotugno, Izsm e Tigem

Martedì 18 Gennaio 2022 di Ettore Mautone
Campania al primo posto in Italia per l’attività di sequenziamento di Sars CoV-2: l'attività di Cotugno, Izsm e Tigem

Il piano di sorveglianza genomica del virus Sars CoV-2 in Regione Campania nasce a Luglio del 2021 per volontà dell’Unità di Crisi della Regione Campania su indicazione e richiesta dell’Istituto superiore di Sanità, finalizzato alla sorveglianza della diffusione di nuove varianti del virus sul territorio regionale.

L’obiettivo primario era ed è rappresentato dall’individuazione tempestiva di potenziali varianti del virus, con lo scopo di contenerne la diffusione nella popolazione e di valutare l’aumento di quelle di interesse comunitario. Il coordinamento di tale attività è stata affidata alla Direzione del Laboratorio di Microbiologia e Virologia dell'azienda dei Colli (Cotigno-Monaldi-Cto) che da sempre ha i contatti con l’Iss per quanto riguarda la sorveglianza dei patogeni respiratori (Rete Influnet collegata a ECDC e OMS). L’attività è svolta dal Laboratorio di Riferimento per le Malattie Infettive del Cotugno e dal Laboratorio di Virologia dell’Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Mezzogiorno in collaborazione con Telethon Institute of Genetics and Medicine per le attività di sequenziamento massivo. 

«La collaborazione con il Tigem - avverte Luigi Atripaldi primario del laboratorio di Microbiologia dell'azienda dei colli - nasce dalla grande capacità operativa e grande specializzazione messa in campo dall’Istituto che ha ricevuto dalla Regione Campania due finanziamenti (PO-FESR “Analisi metagenomica di tamponi da pazienti infettati da SARS-CoV-2”, POC “Analisi genomica di varianti di SARS-CoV-2 su pazienti COVID-19 della regione Campania”). 

Video

A seguito dell’emergenza sanitaria il Tigem ha dato quindi priorità all’attività di sorveglianza sanitaria utilizzando il finanziamento ricevuto, il Cotugno e lZSM hanno invece utilizzato sempre fondi propri e solo di recente hanno ricevuto un modesto ristoro a fronte delle risorse economiche utilizzate. La collaborazione nasce comunque già a dicembre 2020 quando l’Iss incarica il Laboratorio di Microbiologia e Virologia del Cotugno di avviare attività di sorveglianza genomica secondo modalità e criteri epidemiologici stabiliti a livello centrale. "La partnerschip tra Cotugno, IZSM e Tigem - aggiunge Atripaldi - ha garantito un'azione di sanità pubblica straordinaria, garantendo esami di sequenziamento per circa 400 test settimanali con un criterio epidemiologico e scientifico che ha permesso di individuare in tempi brevi le varianti emergenti e la loro diffusione su tutto il territorio della Regione".


Ma adesso andiamo ai dati: Il gruppo di lavoro incaricato dal Piano di Sorveglianza genomica a sua volta istituito dall’Unità di Crisi Regionale è il primo gruppo di lavoro in Italia per sequenziamento del virus, ben 22.743 sequenze ad oggi dell’intero genoma rispetto al valore su scala nazionale di 84.000 sequenze in totale (circa il 27%). Una media su base mensile del 8.4 % dei positivi nel 2021 quando l’ECDC raccomanda almeno il 5%. 

«Sequenziare ancora di più - avverte Atripladi - come chiedono altri laboratori peraltro non indicando i costi,  è possibile ma assolutamente non utile farlo oggi nel momento in cui i casi postivi sono tanto numerosi e tutti della variante dominante e la metà dei tamponi sono antigenici rapidi e quindi non processabili per la valutazione genomica. E’necessario invece seguire le indicazioni dell’Istituto Superiore di Sanità che per ogni Regione valuta il numero di esami da eseguire secondo criteri epidemiologici ben stabiliti in accordo con l’Ecdc. Fondamentale è poi fare seguire all’attività di sorveglianza genomica una valida azione sul territorio di contact training e di isolamento dei soggetti positivi per la variante individuata al fine di evitare i contagi, ma ciò è risultato sempre difficile e poco efficace nel nostro Paese ma anche nelle altre nazioni come il Regno Unito ove si esegue da sempre un sequenziamento massivo». 

Per la nuova variante Omicron il Cotugno ha identificato con sequenziamento veloce in 24 ore i soggetti che erano stati contagiati dal primo caso di Omicron presente in Italia, ma questo non ha impedito il rapido diffondersi della variante. Il gruppo di lavoro della Regione Campania può eseguire anche 5000/6000 sequenze a settimana ed il Cotugno può fare sequenze in appena 24 ore nei casi sospetti o critici, ma incrementare senza criteri epidemiologici sarebbe uno spreco inutile di risorse (e se ne sprecano già tante per il Covid) in un momento in cui la variante Omicron ha praticamente raggiunto l’80 % circa dei casi sequenziati. L’Istituto Superiore di Sanità si è complimentato in svariate occasioni per l’attività svolta dalla Campania in merito all’azione di Sorveglianza Genomica messa in campo. 

Ultimo aggiornamento: 19 Gennaio, 07:15 © RIPRODUZIONE RISERVATA