La Roma 2.0 e il litigio con Totti

Nel gennaio del 2016 ritorna alla Roma, parantesi ricordata specialmente per il litigio con il capitano giallorosso, Francesco Totti. Durante la sua prima esperienza nella capitale, Spalletti per Totti era stato come un padre, in particolare nel periodo dell'infortunio prima del mondiale del 2006. Non si è mai saputo per quale motivo, ma il rapporto tra l'allenatore di Certaldo e il “pupone” non è mai stato più lo stesso. Sono stati numerosi gli scontri tra i due, che hanno portato all'addio alla Roma di Spalletti nel 2017 e al ritiro dal calcio di Totti.