Sulle tracce di Omicron. Da dove arriva l’ultima variante Covid? La questione di cui si occupa la rivista Nature è più che accademica: determinare in quali condizioni si è sviluppata questa mutazione altamente trasmissibile potrebbe aiutare gli scienziati a prevedere il rischio che emergano nuove varianti e suggerire misure per ridurlo al minimo, afferma Angela Rasmussen, virologa presso l’Organizzazione per i vaccini e le malattie infettive dell’Università del Saskatchewan a Saskatoon, in Canada.
RAPIDITA’
Omicron ha cominciato a diffondersi alla fine di ottobre 2021 dalla provincia di Gauteng, la più ricca e industrializzata del Sudafrica e da lì entro la fine di novembre ha si è estesa nelle altre sette province del Paese e in due regioni del Botswana.
Omicron, le origini della variante
I dati raccolti hanno permesso di ricostruire il numero di riproduzione, ossia il numero medio delle persone che sono state contagiate da un individuo in un tempo specifico: era 2,7 fra i primi di novembre e l’inizio di dicembre. Entro il 16 dicembre la variante Omicron aveva già raggiunto 87 Paesi, diventati attualmente oltre cento Paesi, e sono 100.000 i genomi virali raccolti e pubblicamente disponibili nella baca dati internazionale Gisaid.
A rendere così contagiosa la variante Omicron sono le 30 mutazioni presenti nella sua proteina Spike, ossia nella proteina che il virus utilizza per agganciarsi alle cellule, accanto alla capacità di sfuggire agli anticorpi neutralizzanti generati sia dai vaccini sia dall’infezione. Ora gli scienziati l’hanno rintracciata in più di 120 Paesi, ma rimangono ancora perplessi da una domanda chiave: da dove viene Omicron? Non esiste infatti un percorso di trasmissione trasparente che colleghi la variante alle precedenti. I virologi evoluzionisti stimano che il suo antenato genetico più vicino risalga probabilmente a più di un anno fa, dopo la metà del 2020. «Omicron pare spuntata dal nulla», spiega a Nature Darren Martin, biologo computazionale presso l’Università di Cape Town. Il gruppo consultivo scientifico per le origini dei nuovi patogeni dell’Organizzazione mondiale della sanità si è riunito a gennaio per discutere le origini della variante e dovrebbe pubblicare un rapporto all’inizio di febbraio. Gli scienziati stanno approfondendo tre teorie. La prima: sebbene i ricercatori abbiano sequenziato milioni di genomi SARS-CoV-2, potrebbe essere semplicemente sfuggita loro una serie di mutazioni che alla fine hanno portato a Omicron. Oppure: la variante potrebbe aver sviluppato mutazioni in una persona, come parte di un’infezione a lungo termine. Infine: potrebbe essere stata trasmessa da animali, come topi o ratti. «Per ora le tre ipotesi sono tutte valide», afferma Jinal Bhiman, medico ricercatore presso l’Istituto nazionale per le malattie trasmissibili di Johannesburg.
INCONTROLLABILE
I ricercatori concordano comunque sul fatto che Omicron sia un arrivo recente. Nell’Africa meridionale si è diffusa dalla densamente popolata provincia urbana di Gauteng, tra Johannesburg e Pretoria, ad altre province e al vicino Botswana. Ma poiché Johannesburg ospita il più grande aeroporto del continente africano, la variante potrebbe essere emersa in qualsiasi parte del mondo, semplicemente essendo stata rilevata in Sud Africa a causa della sofisticata sorveglianza genetica del Paese, afferma Tulio de Oliveira, bioinformatico presso l’Università di KwaZulu-Natal a Durban e al Center for epidemic response and innovation della Stellenbosch University. Ciò che spicca di Omicron è il suo notevole numero di mutazioni: soni più di 50 rispetto al virus SARS-CoV-2 originale isolato a Wuhan, in Cina. Circa 30 di queste contribuiscono ai cambiamenti negli amminoacidi nella proteina spike1, che il coronavirus usa per legarsi e fondersi con le cellule. Precedenti varianti non hanno avuto più di dieci mutazioni spike, che sembrano anche aver modificato il modo con cui Omicron entra nelle cellule: sembra essere meno abile a fondersi direttamente con la membrana cellulare e invece tende ad entrare dopo essere stato inghiottito in un endosoma (una bolla circondata da lipidi). Ma più di una dozzina di mutazioni di Omicron sono estremamente rare, alcune non sono mai state viste prima, altre sono spuntate ma sono scomparse di nuovo rapidamente. Un’altra caratteristica curiosa di Omicron è che, da un punto di vista genomico, è costituito da tre sottovarianti distinte (chiamate Ba.1, Ba.2 e Ba.3) che sembrano essere emerse tutte più o meno nello stesso periodo. Ciò significa che Omicron ha avuto il tempo di diversificarsi prima che gli scienziati se ne accorgessero.
DIFFUSIONE SILENZIOSA
Secondo alcuni scienziati il processo di mutazione potrebbe essere passato. inosservato, in una regione del mondo che ha un sequenziamento genomico limitato e tra persone che in genere non vengono testate, forse perché non presentavano sintomi. E a un certo punto Omicron è esplosa, forse perché il progresso di altre varianti - come Delta - è stato gradualmente ostacolato dall’immunità costruita dalla vaccinazione e dall’infezione precedente, mentre l’ultima mutazione è stata in grado di eludere questa barriera. Il Sudafrica, con circa 28.000 genomi, ha sequenziato meno dell’1% dei suoi casi noti di Covid e molti Paesi vicini, dalla Tanzania allo Zimbabwe e al Mozambico, hanno inviato meno di 1.000 sequenze. Ma de Oliveira afferma che lo scenario secondo cui Omicron si è evoluta senza essere vista attraverso la trasmissione da persona a persona è «estremamente poco plausibile».
I passaggi intermedi nell’evoluzione di Omicron avrebbero dovuto essere rilevati nei genomi virali di persone che viaggiano da Paesi che fanno poco sequenziamento a quelli che fanno molto. «Questo non è il diciannovesimo secolo, dove ci vogliono sei mesi per andare da un punto all’altro del mondo in barca a vela», riflette Sergei Pond, biologo evoluzionista computazionale alla Temple University di Philadelphia, in Pennsylvania. Un’incubatrice alternativa per un’evoluzione veloce è una persona con un’infezione cronica. Lì il virus può moltiplicarsi per settimane o mesi e possono emergere diversi tipi di mutazioni per schivare il sistema immunitario del corpo. Le infezioni croniche danno al virus «l’opportunità di ingannare il sistema immunitario», afferma Pond, che ritiene che sia un’ipotesi plausibile per l’emergenza di Omicron. Infine c’è l’ipotesi che Omicron non sia emersa da una persona. SARS-CoV-2 è un virus promiscuo: si è diffuso a un leopardo selvatico, a iene e ippopotami negli zoo e a furetti e criceti domestici. Ha infettato gli allevamenti di visoni in tutta Europa e si è infiltrato nelle popolazioni di cervi dalla coda bianca. È possibile quindi che abbia acquisito mutazioni passando a un topo e poi si sia diffuso ed evoluto in Omicron in questa popolazione animale. Un topo infetto potrebbe in seguito essere entrato in contatto con una persona, innescando l’emergere di Omicron. Alcuni scienziati sostengono però che anche un singolo salto virale da un animale a una persona è un evento raro, per non parlare di tre. Ora che Omicron è la variante dominante, il modo in cui si evolve nelle persone potrebbe offrire ulteriori indizi sulle sue origini. Potrebbe, ad esempio, rilasciare mutazioni che, in retrospettiva, si scopre lo abbiano aiutato ad adattarsi a un diverso ospite animale o in una persona con un’infezione cronica. Ma molti scienziati affermano che, forse, non scopriremo mai da dove proviene la mutazione: «Omicron ci mostra la necessità di essere umili nel pensare alla nostra capacità di comprendere i processi che stanno plasmando l’evoluzione di virus».
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