Oltre 19.000 campioni sequenziati, un quinto di tutti quelli eseguiti in Italia, e 156 varianti Covid identificate. Questi i numeri che hanno permesso all'Istituto Telethon di Genetica e Medicina (Tigem) di Pozzuoli, anche con i fondi messi a disposizione dalla Regione Campania, di diventare l'istituto che ha sequenziato più campioni di Sars-CoV-2 nel nostro paese.
Un primato reso possibile grazie alle competenze acquisite negli anni con la ricerca sulle malattie genetiche rare, in cui il sequenziamento è fondamentale, ad esempio, per andare a caccia dei geni responsabili di patologie dall'origine ancora ignota.
«Esistono diversi metodi di sequenziamento: noi lavoriamo con il Next Generation Sequencing, una tecnologia ad alta processività che permette di analizzare in parallelo migliaia di frammenti di DNA», spiega Davide Cacchiarelli, professore di biologia molecolare all'Università Federico II di Napoli e responsabile del laboratorio di genomica integrata del Tigem, il cui gruppo è stato il primo a identificare le varianti epsilon e omicron in Italia.
La lettura fatta dal sequenziatore viene quindi inviata a un computer, per l'analisi dei dati. «Lo strumento che utilizziamo permetterebbe di analizzare un centinaio di campioni per volta, ma abbiamo ottimizzato la procedura per analizzarne circa 400», racconta il ricercatore. «Inoltre, abbiamo ristrutturato la fase di analisi dei dati, in modo che possa lavorare su cloud, cioè in un computer virtuale».
Questo pacchetto di analisi informatica è risultato così efficiente da essere messo a disposizione del Karolinska Institutet di Stoccolma, uno dei più importanti istituti medici al mondo.
Il risultato è che fino al 12 gennaio scorso, «abbiamo sequenziato il 70% dei campioni della Regione Campania e identificato sul territorio regionale 156 varianti virali, comprese alfa, beta, gamma, delta e omicron.